Какие налоги нужно учесть при продаже нежилого помещения физическим лицом?

При получении дохода от продажи недвижимого имущества физические лица уплачивают НДФЛ в размере 13 %.

Если бы помещение не использовалось в предпринимательской деятельности, то Вам не нужно было бы платить НДФЛ, а так придется.

Выписка из НК РФ:

Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) следующие виды доходов физических лиц:

17.1) доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.

Положения настоящего пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от продажи ценных бумаг, а также на доходы от продажи имущества, непосредственно используемого индивидуальными предпринимателями в предпринимательской деятельности;

(п. 17.1 введен Федеральным законом от 19.07.2009 N 202-ФЗ (ред. 27.12.2009))

(ст. 217, "Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая)" от 05.08.2000 N 117-ФЗ (ред. от 19.07.2011))