Сотрудник уволен в июне, подает встречный иск после того как работодатель подал иск на него

Если я правильно понял, Вы хотите в судебном порядке обжаловать свое увольнение?

Неясным для меня осталось, в связи с чем работодатель жалуется в суд на Вас?

Согласно ст. 392 ТК РФ - Работник имеет право обратиться в суд за разрешением индивидуального трудового спора в течение трех месяцев со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права, а по спорам об увольнении - в течение одного месяца со дня вручения ему копии приказа об увольнении либо со дня выдачи трудовой книжки.

Работодатель имеет право обратиться в суд по спорам о возмещении работником ущерба, причиненного работодателю, в течение одного года со дня обнаружения причиненного ущерба.

При пропуске по уважительным причинам сроков, установленных частями первой и второй настоящей статьи, они могут быть восстановлены судом.

То что Вы жаловались в прокуратуру, не является уважительной причиной пропуска срока для обращения в суд.

В суд Вы имеете право обратиться в любое время, просто пропуск срока будет являться основанием для отказа в его удовлетворении и восстановлении на работе.

Что б восстановить срок, Вам необходимо документально подтвердить уважительные причины его пропуска (например, болели).

Удачи!