Можно ли отменить исполнительную надпись нотариуса о взыскании с должника в пользу банка, направив нотариусу возражение и просьбу об отмене?

Нет, там совершенно другой порядок. Нотариусу ничего направлять не нужно, обращаться нужно в районный суд в порядке главы 37 ГПК РФ, при этом свое несогласие нужно мотивировать, расписав суду почему не согласны и с чем, если мотивировки не будет, суд может отказать. Надо доказывать неправильность совершения нотариальной надписи, а не просто просить ее отменить.