В основном договоре будет указано, что квартира стоит 1000000 рублей.

Вы сможете получить вычет только с той суммы, которая указана в договоре, т.е. с 1 000 000 руб.

Если не указано иное, предполагается, что задаток, является частью цены сделки.

Так, в соответствии со статей 380 ГК РФ:

1. Задатком признается денежная сумма, выдаваемая одной из договаривающихся сторон в счет причитающихся с нее по договору платежей другой стороне, в доказательство заключения договора и в обеспечение его исполнения.

Кроме того, для получения налогового вычета необходимо документально подтвердить произведенные расходы.

В соответствии со ст. 220 НК РФ

Указанный имущественный налоговый вычет предоставляется налогоплательщику на основании письменного заявления налогоплательщика, а также платежных документов, оформленных в установленном порядке и подтверждающих факт уплаты денежных средств налогоплательщиком по произведенным расходам (квитанции к приходным ордерам, банковские выписки о перечислении денежных средств со счета покупателя на счет продавца, товарные и кассовые чеки, акты о закупке материалов у физических лиц с указанием в них адресных и паспортных данных продавца и другие документы).

Если вы хотите получить вычет 1 250 000 руб. нужно явным образом указать в договоре, что цена квартиры включает в себя сумму задатка и составляете 1'250'000 руб.

Не забудьте, что нужно позаботиться о документальном подтверждении уплаты продавцу = 1'250'000 руб.

Кроме того, не все понимают разницу между задатком и авансом.

Впрочем, последнее не имеет отношения к налоговым вычетам.