Подрядчик отказывается нести ответственность за закупку материала по указанию Заказчика - как правильно оформить этот факт в документах?

В Вашем случае действую положения статей:

704 ГК РФ. Выполнение работы иждивением подрядчика

1. Если иное не предусмотрено договором подряда, работа выполняется иждивением подрядчика - из его материалов, его силами и средствами.

2. Подрядчик несет ответственность за ненадлежащее качество предоставленных им материалов и оборудования, а также за предоставление материалов и оборудования, обремененных правами третьих лиц.

713 ГК РФ. Выполнение работы с использованием материала заказчика

1. Подрядчик обязан использовать предоставленный заказчиком материал экономно и расчетливо, после окончания работы представить заказчику отчет об израсходовании материала, а также возвратить его остаток либо с согласия заказчика уменьшить цену работы с учетом стоимости остающегося у подрядчика неиспользованного материала.

2. Если результат работы не был достигнут либо достигнутый результат оказался с недостатками, которые делают его не пригодным для предусмотренного в договоре подряда использования, а при отсутствии в договоре соответствующего условия не пригодным для обычного использования, по причинам, вызванным недостатками предоставленного заказчиком материала, подрядчик вправе потребовать оплаты выполненной им работы.

3. Подрядчик может осуществить право, указанное в пункте 2 настоящей статьи, в случае, если докажет, что недостатки материала не могли быть обнаружены при надлежащей приемке подрядчиком этого материала.