Оформление бухгалтера - трудовой договор или вознаграждение - плюсы и минусы для всех сторон

В случае подписания с гл бухом трудового договора и договора о полной материальной ответственности ВЫ будете иметь работника, со всеми вытекающими обязанностями - трудовыми гарантиями-больнички, отпуска, произв. Травмы и пр. Гл. бух будет нести ответственность практически наравне в первым лицом, но все же - это не панацея. Многие, в.т.ч. гос. организации практикуют передачу функции ведения бухгалтерии на аутсорсинг - т.е. заключение гражданско-правового договора, где будут прописаны обязанности и ответственность сторон. В таком случае, при заключении договора с организацией, где используется ОСНО, ей же будет уплачиваться НДС. Реализация товаров (работ, услуг) на территории России признается объектом обложения НДС (подп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ).

Если договор с физ лицом-обязательно облагаются НДФЛ и страховыми взносами в ПФР и ФОМС, т.к. Вы будете являться налоговым агентом. Выплаченный доход нужно будет указать по коду 2010 «Выплаты по договорам гражданско-правового характера (за исключением авторских вознаграждений)».

Подробная позиция отражена в письмах Минфина от 21 июля 2017 г. № 03-04-06/46733; письмо Минфина России от 21 июля 2017 г. № 03-04-06/46733.

Как лучше оформить - решить можете только Вы применительно к особенностям Вашей компании. Но, второй способ - аутсорсинг (проще подряд) представляется мне более современным.