Как признать недействительным протокол общего собрания учредителей юридического лица в составе ООО «ИА»?

Было юридическое лицо ООО «ИА» в состав его учредителей входило физическое лицо и другое юридическое лицо. 29 декабря 2008 года юридическое лицо вышло из состава учредителей путем подачи заявления в исполнительный орган ООО «ИА», по законодательству об ООО по состоянию на 2008 года разрешалось выйти из состава юридическое лица путем подачи заявления и такие действия не требовали государственной регистрации и внесения записи в ЕГРЮЛ (есть соответствующее постановление пленума ВС РФ). Юридическое лицо вышло из состава, так как налоговое законодательство запрещало применять ЕНВД, если в составе учредителей находилось юридическое лицо доля участия которого больше 25% (в нашем случае было 99%). В 2011 году была выездная налоговая проверка ООО «ИА», которая указала на то, что в составе ООО «ИА» по состоянию на 20.05.2009 г. юридическое лицо все же было в составе учредителей ООО «ИА», косвенно подтверждает протокол от 20.05.2009 г. общего внеочередного собрания учредителей ООО «ИА» о назначении нового директора, где написано, что в составе есть юридическое лицо. Сам директор ООО «ИА» пояснить не смог как этот протокол в одном экземпляре попал в налоговую, хотя у него в учредительных документах лежит решение о назначении его директором. Но как выяснилось позже от имени юридического лица – учредителя ООО «ИА» данный протокол подписало не уполномоченное третье лицо (никто не знает кто это был). Теперь налоговый орган, основываясь на данный протокол, что юридическое лицо не выходило из состава учредителей, но соответственно ООО «ИА» не имело право применять систему налогообложения ЕНВД и перерасчитало налоги за 6 месяцев, так как официально из ЕГРЮЛ из состава учредителей ООО «ИА» было выведено для налоговой только в июне 2009 г. Вопрос: как признать данный протокол ничтожным? Ведь от имени юридического лица – учредителя ООО «ИА» подписало неуполномоченное лицо. И еще один момент на данный период времени юридическое лицо-учредитель ООО «ИА» ликвидировано в добровольном порядке. Как доказать налоговой инспекции, что данный протокол недействительный? Мы даже согласный заплатить штраф за не сообщение о назначении директора, но не сумму перерасчета налогов.