Уволенную сотрудницу в отпуске по уходу за ребенком до 1.5 лет обвинили в нарушении трудовых прав - что выплатить ей в случае ликвидации филиала и отсутствии вакантных должностей?

Если все действительно так - пишите в прокуратуру ответ о том, что его представление в Вашем случае неправомерно, и в той местности - у Вас не осталось вакансий.

Статья 81 ТК РФ.

Расторжение трудового договора по инициативе работодателя

Увольнение по основанию, предусмотренному пунктом 2 или 3 части первой настоящей статьи, допускается, если невозможно перевести работника с его письменного согласия на другую имеющуюся у работодателя работу (как вакантную должность или работу, соответствующую квалификации работника, так и вакантную нижестоящую должность или нижеоплачиваемую работу), которую работник может выполнять с учетом его состояния здоровья. При этом работодатель обязан предлагать работнику все отвечающие указанным требованиям вакансии, имеющиеся у него в данной местности. Предлагать вакансии в других местностях работодатель обязан, если это предусмотрено коллективным договором, соглашениями, трудовым договором.

В случае прекращения деятельности филиала, представительства или иного обособленного структурного подразделения организации, расположенного в другой местности, расторжение трудовых договоров с работниками этого подразделения производится по правилам, предусмотренным для случаев ликвидации организации.