Могут ли возбудить уголовное дело после увольнения из военной части из-за недостачи имущества?

Дело вовсе не в том, что отпустил Вас или не отпустил командир. Если будет состав преступления, то уголовное дело может быть возбуждено и после увольнения Вас с военной службы. Например, по ст.158 УК РФ или по ст.160 УК РФ (чего из Вашего вопроса, честно говоря, не усматривается) Но если на Вас была недостача, то Вам должны были её предъявить до увольнения, составить соответствующие акты и взыскать с Вашего довольствия установленном размере и порядке либо командир должен обратиться в суд.

Есть специальный нормативный акт по данному вопросу - Федеральный закон от 12.07.1999 N 161-ФЗ (ред. от 18.07.2017) "О материальной ответственности военнослужащих",он регулирует данную ситуацию

Статья 6. Определение размера причиненного ущерба

1. Размер причиненного ущерба определяется по фактическим потерям, на основании данных учета имущества воинской части и исходя из цен, действующих в данной местности (для воинских частей, дислоцированных за пределами Российской Федерации, - в стране пребывания) на день обнаружения ущерба.

Цены на вооружение, военную технику, боеприпасы, другое имущество, централизованно поставляемые воинским частям, определяются уполномоченными на то государственными органами.

2. Размер причиненного ущерба определяется с учетом степени износа имущества по установленным на день обнаружения ущерба нормам, но не ниже стоимости лома (утиля) этого имущества.

3. При незаконном назначении военнослужащего (лица гражданского персонала) на должность, не предусмотренную штатом (штатным расписанием) воинской части, размер ущерба определяется размером выплаченного военнослужащему (лицу гражданского персонала) денежного довольствия (выплаченной заработной платы), а при незаконном назначении на должность, оплачиваемую выше должности, фактически занимаемой военнослужащим (лицом гражданского персонала), - разницей между выплаченным денежным довольствием (выплаченной заработной платой) и денежным довольствием (заработной платой) по фактически занимаемой должности.

4. Размер ущерба, причиненного в случае, предусмотренном абзацем пятым статьи 5 настоящего Федерального закона, определяется фактическими затратами на лечение военнослужащих, пострадавших в результате умышленных действий других военнослужащих, в медицинских организациях.

5. Размер возмещаемого ущерба, причиненного по вине нескольких военнослужащих, определяется для каждого из них с учетом степени вины и вида материальной ответственности.

6. При привлечении военнослужащего к материальной ответственности размер оклада месячного денежного содержания военнослужащего и размер месячной надбавки за выслугу лет определяются на день издания приказа командира (начальника) воинской части или принятия судом решения о возмещении ущерба. Статья 8. Возмещение ущерба военнослужащими

КонсультантПлюс: примечание.

О выявлении конституционно-правового смысла ч. 1 ст. 8 см. Постановление КС РФ от 10.04.2001 N 5-П.

1. Возмещение ущерба, размер которого не превышает одного оклада месячного денежного содержания военнослужащего и одной месячной надбавки за выслугу лет, производится по приказу командира (начальника) воинской части путем удержаний из денежного довольствия военнослужащего, причинившего ущерб.

Приказ о возмещении ущерба, причиненного командиром (начальником) воинской части, издается вышестоящим в порядке подчиненности командиром (начальником) воинской части.

Вопрос о возмещении ущерба, размер которого превышает один оклад месячного денежного содержания военнослужащего и одну месячную надбавку за выслугу лет, решается судом по иску командира (начальника) воинской части. Иск о возмещении ущерба, причиненного командиром (начальником) воинской части, предъявляется вышестоящим в порядке подчиненности командиром (начальником) воинской части.

2. Приказ соответствующего командира (начальника) воинской части о возмещении ущерба должен быть издан в двухнедельный срок со дня окончания административного расследования или принятия соответствующим командиром (начальником) решения по результатам рассмотрения материалов о дисциплинарном проступке либо поступления решения суда или материалов ревизии, проверки, дознания, следствия, объявлен военнослужащему под роспись и обращен к исполнению по истечении семи дней после объявления его военнослужащему.

(в ред. Федерального закона от 04.12.2006 N 203-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

В случае, если приказ о возмещении ущерба не издан в двухнедельный срок, вопрос о привлечении военнослужащего к материальной ответственности решается судом по иску соответствующего командира (начальника) воинской части.

3. Военнослужащие, проходящие военную службу за пределами Российской Федерации, возмещают причиненный ущерб в валюте страны пребывания. В случае невозможности возмещения ущерба в валюте страны пребывания (в том числе в случае убытия военнослужащего на территорию Российской Федерации) ущерб возмещается в рублях в пересчете по официальному курсу валюты, установленному Центральным банком Российской Федерации на день обнаружения ущерба.

4. Приказ командира (начальника) воинской части о возмещении ущерба может быть обжалован военнослужащим вышестоящему командиру (начальнику) и (или) в суд. Обжалование приказа о возмещении ущерба не приостанавливает удержаний денежных средств из денежного довольствия военнослужащего. При отмене приказа о возмещении ущерба удержанные денежные средства возвращаются военнослужащему.

5. Возмещение ущерба производится независимо от привлечения военнослужащего к дисциплинарной, административной или уголовной ответственности за действия (бездействие), которыми причинен ущерб.

6. Военнослужащий может добровольно полностью или частично возместить причиненный ущерб в денежной форме.

7. Удержания из денежного довольствия военнослужащего по решению суда производятся на основании выданного судом исполнительного листа.

8. Разница между размером причиненного ущерба и определенным приказом командира (начальника) воинской части или решением суда размером удержаний из денежного довольствия военнослужащего относится за счет средств, выделенных из федерального бюджета соответствующему федеральному органу исполнительной власти (федеральному государственному органу), в ведении которого находится воинская часть, решением командира (начальника) в пределах предоставленных ему прав.

(в ред. Федерального закона от 04.06.2014 N 145-ФЗ)