Может ли ФНС ликвидировать организацию во время судебного делопроизводства?

Сергей, добрый день. Ну и радуйтесь, что ликвидировалась по решению ФНС. Обращайтесь в суд со вторым иском и привлекайте руководителя и учредителей к субсидиарной ответственности. Тогда должна будет не организация-должник (все равно с нее ничего не возьмете), а контролирующие лица. Они ответят перед Вами своим имуществом (ст. 399 ГК РФ).

Если ликвидация была по решению ФНС - это прямая вина контролирующих лиц, значит они не сдавали отчетность, не вели деятельность, либо другим образом нарушали нормы законодательства о государственной регистрации юридических лиц, либо положения НК РФ. Доказывать свою невиновность должны сами контролирующие лица, по закону действует в данном случае презумпция виновности таких лиц.

Так собственник ООО подал сам заявление о ликвидации? Или все-таки ФНС по своей инициативе ликвидировало ООО?

Обжалуйте решение об исключении организации из ЕГРЮЛ... обратитесь за помощью к юристу!

Тогда я бы пошел двумя путями: 1 - обжаловал решение ИФНС о ликвидации по основанию, что руководитель укрыл от налоговой наличие у ООО дебиторской задолженности; 2 - в рамках судебного дела подал бы заявление о привлечении субсидиарных должников в качестве соответчиков.

В статье 61 ГК РФ сказано следующее:

3. Юридическое лицо ликвидируется по решению суда:

""1) по иску государственного органа или органа местного самоуправления, которым право на предъявление требования о ликвидации юридического лица предоставлено "законом", в случае признания государственной регистрации юридического лица недействительной, в том числе в связи с допущенными при его создании грубыми нарушениями закона, если эти нарушения носят неустранимый характер;

2) по иску государственного органа или органа местного самоуправления, которым право на предъявление требования о ликвидации юридического лица предоставлено "законом", в случае осуществления юридическим лицом деятельности без надлежащего разрешения (лицензии) либо при отсутствии обязательного членства в саморегулируемой организации или необходимого в силу закона свидетельства о допуске к определенному виду работ, выданного саморегулируемой организацией;

""3) по иску государственного органа или органа местного самоуправления, которым право на предъявление требования о ликвидации юридического лица предоставлено "законом", в случае осуществления юридическим лицом деятельности, запрещенной законом, либо с нарушением Конституции Российской Федерации, либо с другими неоднократными или грубыми нарушениями закона или иных правовых актов;

""4) по иску государственного органа или органа местного самоуправления, которым право на предъявление требования о ликвидации юридического лица предоставлено "законом", в случае систематического осуществления общественной организацией, общественным движением, благотворительным и иным фондом, религиозной организацией деятельности, противоречащей уставным целям таких организаций;

(в ред. Федерального закона от 23.05.2015 N 133-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции")

""5) по иску учредителя (участника) юридического лица в случае невозможности достижения целей, ради которых оно создано, в том числе в случае, если осуществление деятельности юридического лица становится невозможным или существенно затрудняется;

Если в вашей ситуации не имеется вышеуказанных оснований то получается что налоговая поступила незаконно Нужно в судебном порядке отменять ликвидацию.