Я служу в Вооруженых силах РФ на Флоте можно ли мне перевестись в Пограничный отряд в ФСБ.

Сергей, для начала необходимо согласовать все действия. На сколько я понял вы хотите перейти в Морчасти ПВ.

Указ Президента РФ от 16.09.1999 N 1237 (ред. от 27.04.2020) "Вопросы прохождения военной службы" (вместе с "Положением о порядке прохождения военной службы")

Статья 17. Порядок перевода военнослужащих из Вооруженных Сил Российской Федерации (из федерального органа исполнительной власти или федерального государственного органа, в котором предусмотрена военная служба) в федеральный орган исполнительной власти или федеральный государственный орган, в котором предусмотрена военная служба (в Вооруженные Силы Российской Федерации)

2. Перевод военнослужащих из Вооруженных Сил Российской Федерации (из федерального органа исполнительной власти или федерального государственного органа, в котором предусмотрена военная служба) в федеральный орган исполнительной власти или федеральный государственный орган, в котором предусмотрена военная служба (в Вооруженные Силы Российской Федерации), согласовывается руководителями соответствующих федеральных органов исполнительной власти или федеральных государственных органов либо должностными лицами, уполномоченными ими.

(в ред. Указа Президента РФ от 18.12.2016 N 675)

(см. текст в предыдущей редакции)

Указанный перевод военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, производится в персональном порядке - с их согласия или по их просьбе.

Для этого надо обратиться в кадры ФСБ России, согласовать если у них вакансии, заполнить соответствующие документы и пройти все необходимые проверки. Если они будут готовы вас взять, подавайте с рапорт своему руководству и согласовывайте действия с кадрами ФСБ.

Делайте выводы.

Удачи.