Продажа квартиры в ипотеку - будут ли выплачены налоги, если это мое единственное жилье?

Да налог придется заплатить. Для объектов недвижимого имущества, приобретенных в собственность после 01.01.2016:

Доходы, получаемые налогоплательщиком от продажи объекта недвижимого имущества, освобождаются от налогообложения (и декларирования) при условии, что такой объект находился в собственности налогоплательщика в течение минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества и более.

Минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет 3 года для объектов недвижимого имущества, в отношении которых соблюдается хотя бы одно из следующих условий:

право собственности на объект получено налогоплательщиком в порядке наследования или по договору дарения от физического лица, признаваемого членом семьи и (или) близким родственником этого налогоплательщика в соответствии с Семейным кодексом Российской Федерации;

право собственности на объект получено налогоплательщиком в результате приватизации;

право собственности на объект получено налогоплательщиком - плательщиком ренты в результате передачи имущества по договору пожизненного содержания с иждивением.

В иных случаях минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет 5 лет.