Как правильно оформить сделку при покупке квартиры, которая была подарена при разводе родителей?

Можно проверить, посмотрев документы. Ваше опасение понятно, но Росреестр не зарегистрировал бы право на сына от отца, если бы отец не представил нотариальное согласие, если бы оно было обязательно (п.3 ст.35 Семейного кодекса РФ). А раз право на сына успешно зарегистрировано, то не должно быть проблем со сделкой между сыном и Вами согласно ст.8.1, 209 ГК РФ, требованиям Федерального закона от 13 июля 2015 г. N 218-ФЗ "О государственной регистрации недвижимости". Согласно ст.209 ГК РФ:

Статья 209. Содержание права собственности

1. Собственнику принадлежат права владения, пользования и распоряжения своим имуществом.

2. Собственник вправе по своему усмотрению совершать в отношении принадлежащего ему имущества любые действия, не противоречащие закону и иным правовым актам и не нарушающие права и охраняемые законом интересы других лиц, в том числе отчуждать свое имущество в собственность другим лицам, передавать им, оставаясь собственником, права владения, пользования и распоряжения имуществом, отдавать имущество в залог и обременять его другими способами, распоряжаться им иным образом.

3. Владение, пользование и распоряжение землей и другими природными ресурсами в той мере, в какой их оборот допускается законом (статья 129), осуществляются их собственником свободно, если это не наносит ущерба окружающей среде и не нарушает прав и законных интересов других лиц.

4. Собственник может передать свое имущество в доверительное управление другому лицу (доверительному управляющему). Передача имущества в доверительное управление не влечет перехода права собственности к доверительному управляющему, который обязан осуществлять управление имуществом в интересах собственника или указанного им третьего лица.