Можно ли подать заявления в следственный комитет на должника если он на связи но у него пока нет возможности оплатить долг.

Можно, но вам придёт отказное, так как это гражданско - правовые отношения.

В чем состав его преступления? Если Вы имеете в виду мошенничество и должник не специальный субъект, то заявление нужно подавать не в СК, а в отдел полиции. Но если в его действиях нет состава преступления, а он просто не может выплатить долг, то нужно подавать иск в суд.

Вам следует на него подать иск в суд, а не СК. Обращение в Ск ничего вам не даст, будет отказ в возбуждении уголовного дела.