Вопрос государственной регистрации договора аренды нежилого здания при его автоматической пролонгации.

Юр. лицо. Арендатор по договору аренды недвижимого имущества (нежилого здания). Срок аренды по договору на несколько дней короче календарного года. Однако, имеется пункт в договоре о том, что в случае отсутствия возражений сторон не менее чем за месяц до окончания срока действия указанного договора, договор продлевается на календарный год. Количество пролонгаций не ограничено.

Ситуация в следующем: Срок действия договора закончился 30 мая 2020 года. Однако, сработало условие о пролонгации договора (что не требует заключения доп. соглашения). Аренда продолжается, оплата производится, возражений не было и не предвидится.

Возникла необходимость зарегистрировать указанный договор в Росреестре. Оплатили гос. пошлину, сдали через МФЦ. Звонят из Росреестра с предложением самостоятельно забрать документы и потерять половину гос. пошлины, отказывают в гос. регистрации, т.к. первоначальный срок аренды менее года. Пункт об автоматической пролонгации во внимание не берут.

Вопрос: есть ли смысл требовать оф.отказ в гос. регистрации договора аренды от Росреестра и обжалолвать? Есть ли смысл предоставлять как доп. документы через МФЦ доп. соглашение о пролонгации (то есть в дополнение к основному договору прикрепить допник сроком на календарный год)?

Или выгоднее действительно самостоятельно забрать документы, ибо отказ правомерен будет даже при предоставлении допника о пролонгации (в связи с тем, что основной договор не на год)?