Согласно коллективного договора к основному отпуску предоставляется 3 дня, если работник отработал без больничного.

Ваш вопрос не совсем понятен. Работник находился на лечении в станиционаре во время своего основного отпуска? Если да, то по ТК РФ работодатель обязан был продлить работнику отпуск на количество дней его нетрудоспособности, приходящихся на такой отпуск. Что же касается коллективного договора, то дополнительные дни отпуска, судя по описанной вами ситуации, предоставляются каждому работнику, не имевшему дней нетрудоспособности в период своей работы, а не в период основного отпуска, в связи с чем я считаю, что такой отказ администрации не правомерен и его следует обжаловать через суд или через Гострудинспекцию.