Нарушение процессуальных прав - почему потерпевшая жалуется на отсутствие обвиняемого в основном уголовном деле?

1. Выделению подлежит уголовное дело в отношении лица, заключившего досудебное соглашение о сотрудничестве, а не наоборот.

В частности, согласно ст. 154 УПК РФ

Дознаватель, следователь вправе выделить из уголовного дела в отдельное производство другое уголовное дело в отношении: ...

4) подозреваемого или обвиняемого, с которым прокурором заключено досудебное соглашение о сотрудничестве.

Такой же вывод следует из ст. 317.3 УПК РФ.

2.1. Прокурор разъясняет подозреваемому или обвиняемому, заявившим ходатайство о заключении досудебного соглашения... что после рассмотрения в порядке, предусмотренном статьей 317.7 настоящего Кодекса, уголовного дела, выделенного в отношении его в отдельное производство, он может быть привлечен к участию в уголовном деле в отношении соучастников преступления и иных лиц, совершивших преступления.

Если выделено уголовное дело в отношении других соучастников, вы можете обжаловать данное решение. Однако с фактической стороны смысла в этом нет, так как разница в решениях что из чего выделяется чисто условная.

2. При рассмотрении уголовного дела в отношении лица, заключившего досудебное соглашение о сотрудничестве вы вправе обжаловать само решение о проведении особого порядка и решение, вынесенное судом в общем порядке, предусмотренном главой 16 УПК РФ. Повлиять на то, что уголовное дело в отношении данного лица будет рассматриваться без исследования доказательств вы не сможете, таков закон.