Как решить вопрос об одобрении крупной сделки в ООО с отсутствующим участником и заинтересованными лицами?

Только если исключать юридическое лицо из числа участников на основании статьи 10 Закона об ООО:

Участники общества, доли которых в совокупности составляют не менее чем десять процентов уставного капитала общества, вправе требовать в судебном порядке исключения из общества участника, который грубо нарушает свои обязанности либо своими действиями (бездействием) делает невозможной деятельность общества или существенно ее затрудняет.

Еще как вариант во внесудебном порядке исключить из числа участников, если нет доказательств того, что участник оплатил свою долю в уставном капитале.

Соответственно, к сделкам, в совершении которых имеется заинтересованность всех участников общества, при отсутствии заинтересованности в совершении сделки иных лиц, за исключением случая, если уставом общества предусмотрено право участника потребовать получения согласия на совершение такой сделки до ее совершения, правила об одобрении сделок с заинтересованностью (пункт 7 статьи 45 Закона об ООО).

Если не будет третьего участника тогда одобрять сделку не нужно будет.

Кроме того, сделка, в совершении которой имеется заинтересованность, не требует обязательного предварительного согласия на ее совершение. На сделку, в совершении которой имеется заинтересованность, может быть до ее совершения получено согласие совета директоров (наблюдательного совета) общества или общего собрания участников общества в соответствии с настоящей статьей по требованию единоличного исполнительного органа, члена коллегиального исполнительного органа общества, члена совета директоров (наблюдательного совета) общества в случае, если их создание предусмотрено уставом общества, или участников (участника), доли которых в совокупности составляют не менее чем один процент уставного капитала общества (пункт 4 статьи 45 Закона об ООО).

Можно еще рассмотреть вариант с образованием Совета директоров и наделения их полномочиями на выдачу согласия на проведение сделки с заинтересованностью (требуется 2/3 голосов для этого). Сроки проведения ГОСА (годового общего собрания ещё не истекли), поэтому можете успеть сформировать Совет директоров.