Проживание рабочих организации на 2-м этаже без статуса общежития - как защитить свои права и обратиться в прокуратуру?

Прокуратура Вам не поможет. Подавайте Иск в суд и взыскивайте материальный ущерб, причиненный заливом квартиры. Сможете взыскать ущерб, если все зафиксировали как положено.

Статус общежития не нужно оформлять для того, что бы работники временно проживали в данной квартире.

Собственник вправе распоряжаться своей квартирой по своему усмотрению, в том числе сдавать квартиру во временное пользование. - ст. 209 ГК РФ. Никаких нарушений нет.