Процентная ставка пеней в договоре и возможный штраф за невыполнение работ - что устанавливает закон и какие ограничения существуют?

Любые. Не регулируются. А это, в принципе, одно и то же. Соответственно нет предела. Просто на практике принято, что пеня - определенный процент от неизвестной суммы, штраф - твердая сумма.

Просто всегда следует руководствоваться принципом, изложенным в норме ст. 333 ГК РФ.

ГК РФ.

"Статья 330. Понятие неустойки

1. Неустойкой (штрафом, пеней) признается определенная законом или договором денежная сумма, которую должник обязан уплатить кредитору в случае неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательства, в частности в случае просрочки исполнения. По требованию об уплате неустойки кредитор не обязан доказывать причинение ему убытков.

2. Кредитор не вправе требовать уплаты неустойки, если должник не несет ответственности за неисполнение или ненадлежащее исполнение обязательства.

Статья 333. Уменьшение неустойки

Если подлежащая уплате неустойка явно несоразмерна последствиям нарушения обязательства, суд вправе уменьшить неустойку.

Правила настоящей статьи не затрагивают права должника на уменьшение размера его ответственности на основании статьи 404 настоящего Кодекса и права кредитора на возмещение убытков в случаях, предусмотренных статьей 394 настоящего Кодекса".