Проблемы с ИИС в двух банках - как сохранить вычет за 2020 год?

Евгений, для начала: нельзя иметь сразу 2 ИИС. По законодательству разрешается только наличие одного такого счета, если вы открываете второй, то первый счет должен быть закрыт в течение одного месяца.

Второе. Вычет положен в том случае, если вы продержали денежные средства на счете не менее трех лет, что, как понимаю, у вас соответствует. Подать на налоговый вычет можно до 30 апреля каждого года (что вы, как я понимаю, и сделали), решение принимается налоговым органом в течение 3 месяцев.

3. Инвестиционный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 2 пункта 1 статьи 219.1 НК РФ, предоставляется с учетом следующих особенностей:

3) налоговый вычет предоставляется налогоплательщику при условии, что в течение срока действия договора на ведение индивидуального инвестиционного счета налогоплательщик не имел других договоров на ведение индивидуального инвестиционного счета, за исключением случаев прекращения договора с переводом всех активов, учитываемых на индивидуальном инвестиционном счете, на другой индивидуальный инвестиционный счет, открытый тому же физическому лицу;

Таким образом, тут дело даже не в том, что пропал вычет в связи с тем, что период подачи документов прошел, а в том, что вычет вам был не положен в любом случае, поскольку 2 счета существовали одновременно более месяца. Налоговая не имела права вам вообще применять этот вычет. К сожалению для вас, требования по возврату вычета законны.

Единственно, что, наверное можно вообразить и предложить из области фантастики, это оспаривать конституционность пунктов федерального закона от 22.04.1996 N 39-ФЗ "О рынке ценных бумаг", которым предусмотрено, что ИИС может быть только одним)))). Но это такой длительный сложный и не обещающий перспектив процесс для вас, кроме того, я даже не анализировала с какими положениями этот закон может вступить в противоречие с конституцией, так что... Но вам без юриста за такой шаг браться точно не стоит, мало того, что, возможно, будете глупо выглядеть, так еще и массу времени и неоправданных надежд убьёте.

В общем, всего доброго.