За не вовремя сданную отчетность в Пенсионный фонд (являюсь руководителем ЮЛ) и дважды привлеченному за это. Могут лишить оружия?

Нет оснований! Из смысла Федерального закона "Об оружии" и санкций КоАП, предусматривающих лишение разрешения права на приобретение и хранение или хранение и ношение оружия следует, что в основе применения такой санкции должно лежать прямое нарушение Закона об оружии. В данном случае не сдавая вовремя отчетность вы правила обращения с оружием не нарушаете.