Может ли прокуратура аннулировать дипломы о высшем образовании из-за оформления дубликата аттестата?

Это вряд ли возможно. Тем более, насколько я правильно понял, в высшее учебное заведение вы предоставляли документы в полной мере действительные. Уверен, что Вам не стоит так беспокоиться.

Согласно части 4 статьи 60 Федерального закона от 29 декабря 2012 г № 273-ФЗ «Об образовании в Российской Федерации лицам, успешно прошедшим государственную итоговую аттестацию, выдаются, если иное не установлено настоящим Федеральным законом, документы об образовании и документы об образовании и о квалификации. Образцы документов об образовании и о квалификации (диплома бакалавра, диплома специалиста, диплома магистра, диплома об окончании аспирантуры (адъюнктуры) и приложений к ним, описание указанных документов и приложений, порядок заполнения, учета и выдачи указанных документов и их дубликатов устанавливаются федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке и реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере высшего образования.

Согласно пункту 1 части 7 данной статьи документ об образовании и о квалификации, выдаваемый лицам, успешно прошедшим государственную итоговую аттестацию, подтверждает получение профессионального образования следующих уровня и квалификации по профессии, специальности или направлению подготовки, относящимся к соответствующему уровню профессионального образования: среднее профессиональное образование (подтверждается дипломом о среднем профессиональном образовании). В соответствии с частью 2 статьи 61 Гражданского процессуального кодекса Российской Федерации обстоятельства, установленные вступившим в законную силу судебным постановлением по ранее рассмотренному делу, обязательны для суда.