Прямого запрета по этому поводу в законодательстве я не нашла, но все же хотелось бы знать, как правильно.

Уважаемая Ольга! Если речь идёт о договорах с участием юрлиц или ПБОЮЛ, то эти споры подведомственны арбитражному суду(если договором не предусмотрено иное-например, рассмотрение споров в третейском суде). По каждому договору заявляется отдельный иск (в данном случае 3 иска), в который включается как основной долг, так и проценты за просрочку по ст.395 ГК РФ или пени, установленные договором.В соответствии с ч.1 ст.130 Арбитражного процессуального кодекса РФ истец вправе соединить в одном исковом заявлении несколько требований, связанных между собой по основаниям возникновения(в данном случае связанных одним договором) или представленным доказательствам.Основанием иска являются обстоятельства, на которые ссылается истец для подтверждения своих требований к ответчику.

Требования могут быть связаны между собой, если они вытекают из одного и того же основания(в данном случае из одного договора). Вопрос о том, соединены ли в одном исковом заявлении требования, связанные между собой, устанавливаются арбитражным судом при принятии искового заявления и вынесения определения о возбуждении производства по делу либо о вынесении определения о возвращении искового заявления. Исковое заявление возвращается истцу в случае, если арбитражный суд при принятии искового заявления установит, что в одном исковом заявлении соединено несколько требований к одному или нескольким ответчикам, если эти требования не связаны между собой (п.2 ч.1 ст.129 АПК РФ). О возвращении искового заявления арбитражный суд выносит определение. В ч.2 и 3 ст.130 АПК РФ сформулированы правила, предоставляющие арбитражному суду первой инстанции объединить в одно производство несколько дел, а также выделить одно или несколько соединенных требований в отдельное производство.

Так, арбитражный суд первой инстанции вправе объединить в одно производство несколько однородных дел для совместного рассмотрения в случае, если в них участвуют одни и те же лица, а также выделить одно или несколько соединенных требований в отдельное производство, если признает целесообразным раздельное рассмотрение требований, но это решает сам суд. Об объединении дел в одно производство и о выделении требований в отдельное производство арбитражный суд выносит определение, копия которого направляется лицам, участвующим в деле (ч.5 ст.130 АПК РФ). Следует иметь в виду, что согласно ч.4 ст.130 АПК РФ объединение дел в одно производство и выделение требований в отдельное производство допускаются до принятия судебного акта, которым заканчивается рассмотрение дела в арбитражном суде первой инстанции.