Уволился и встал на учёт в Центре Занятости, но оказалось, что договор ГПХ все еще действовал - как поступить?

Да, требования ЦЗН правормерны. Значит работодатель по ГПХ также делал взносы в ПФР.

Здравствуйте, Кирилл.

Поскольку, как Вы указываете, что в ПФР шли отчисления, Вы являетесь работающим.

Действия ЦЗН правомерны. Если Вы не возвратите денежные средства, ЦЗН вправе взыскать их по суду.

СМ.

ГК РФ Статья 450.1. Отказ от договора (исполнения договора) или от осуществления прав по договору

1. Предоставленное настоящим Кодексом, другими законами, иными правовыми актами или договором право на односторонний отказ от договора (исполнения договора) (статья 310) может быть осуществлено управомоченной стороной путем уведомления другой стороны об отказе от договора (исполнения договора). Договор прекращается с момента получения данного уведомления, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом, другими законами, иными правовыми актами или договором.

2. В случае одностороннего отказа от договора (исполнения договора) полностью или частично, если такой отказ допускается, договор считается расторгнутым или измененным.

Т.о..

Вам следовало уведомить сторону договора о его расторжении, если условия договора допускают расторжение договора в одностороннем порядке. У Вас могут возникнуть проблемы по договору ГПХ со стороной договора.

С уважением.