Руководитель тероргана уволен при приказе Министра внутренних дел во время больничного и отпуска.

Вам надо оспорить приказ в суде в месячный срок.

В суде можно оспорить как само по себе увольнение, так и потребовать зарплату до момента увольнения, а кроме того, компенсации за незаконное увольнение, равную Вашей зарплате за весь период, пока рассматривается дело судом, а также моральный вред.

Это предполагает необходимость грамотного обращения в суд: составления иска в соответствии с нормами ст.ст. 131-132 ГПК РФ, по нужным в Вашей ситуации правовым основаниям, доказывания своей позиции (ст.ст. 55-57 ГПК РФ) и т.д.

Обратитесь к одному из ответивших Вам юристов за грамотным ведением дела в суде. Обычно, кто отвечает на вопросы, тот и работает по тем же делам. Расходы на юриста можно будет (в случае успеха по делу) взыскать в порядке ст.ст. 98, 100 ГПК РФ с работодателя.

Что же касается других органов (трудовая инспекция, прокуратура), туда тоже можно обратиться, но параллельно (одновременно) с обращением в суд.

Обращение в другие органы не параллельно, а последовательно с обращением в суд (т.е. сначала в другие, потом ожидание ответа от них, потом в суд) на практике почти всегда приводит к пропуску срока обращения в суд, 1 мес., так как те органы "отписываются" по сроку больше месяца (с учетом того что ответ идет почтой).

Таким образом, при неправильной последовательности действий Вы потеряете возможность отстоять свои права в суде.