Как поступить, если контракт закончился в командировке, но продление ожидается?

Нет, не можете. Срок службы продлевается на период командировки

ст. 3, Указ Президента РФ от 16.09.1999 N 1237 "Вопросы прохождения военной службы" (вместе с "Положением о порядке прохождения военной службы")

4. Днем окончания военной службы считается день исключения военнослужащего из списков личного состава воинской части

Военнослужащий должен быть исключен из списков личного состава воинской части в день истечения срока его военной службы (уволенный досрочно - не позднее окончания срока военной службы), кроме случаев, установленных Федеральным законом и настоящим Положением.

День исключения из списков личного состава воинской части является для военнослужащего днем окончания (последним днем) военной службы.

Согласно п.11 ст.38 Федеральный закон от 28.03.1998 N 53-ФЗ "О воинской обязанности и военной службе"

11. Окончанием военной службы считается дата исключения военнослужащего из списков личного состава воинской части.

Военнослужащий должен быть исключен из списков личного состава воинской части в день истечения срока его военной службы, за исключением случаев, когда:

военнослужащий находится на стационарном лечении;

военнослужащий участвует в походах кораблей;

согласно ст.4 Указ Президента РФ от 16.09.1999 N 1237 "Вопросы прохождения военной службы" (вместе с "Положением о порядке прохождения военной службы")

8. Контракт вступает в силу со дня его подписания должностным лицом, определенным настоящим Положением, о чем издается соответствующий приказ.

Срок контракта исчисляется со дня (календарной даты) вступления его в силу.

9. Контракт прекращает свое действие:

а) со дня исключения военнослужащего из списков личного состава воинской части при увольнении с военной службы,

10. О прекращении действия контракта производится запись с указанием даты и оснований прекращения действия контракта. Запись производится в первом экземпляре контракта, находящемся в личном деле военнослужащего, скрепляется подписью командира (здесь и далее под командирами понимаются командиры (начальники, руководители) органов военного управления, воинских частей, предприятий, учреждений и организаций Вооруженных Сил Российской Федерации (других войск, воинских формирований и органов), воинских подразделений федеральной противопожарной службы, военных прокуратур, военных следственных органов Следственного комитета Российской Федерации, а также военных учебных центров при федеральных государственных образовательных организациях высшего образования) и гербовой печатью воинской части. По желанию военнослужащего такая запись может быть произведена во втором экземпляре контракта, находящемся у военнослужащего.