Можно ли оценить квартиры в 1000 000 для обмена без последствий с налоговой?

Будет или нет - неизвестно, нельзя ответить за будущее действие (бездействие) органа.

Но право у налоговой будет.

НК РФ.

"

Статья 40. Принципы определения цены товаров, работ или услуг для целей налогообложения

1. Если иное не предусмотрено настоящей статьей, для целей налогообложения принимается цена товаров, работ или услуг, указанная сторонами сделки. Пока не доказано обратное, предполагается, что эта цена соответствует уровню рыночных цен.

2. Налоговые органы при осуществлении контроля за полнотой исчисления налогов вправе проверять правильность применения цен по сделкам лишь в следующих случаях:

1) между взаимозависимыми лицами;

2) по товарообменным (бартерным) операциям;

3) при совершении внешнеторговых сделок;

4) при отклонении более чем на 20 процентов в сторону повышения или в сторону понижения от уровня цен, применяемых налогоплательщиком по идентичным (однородным) товарам (работам, услугам) в пределах непродолжительного периода времени.

3. В случаях, предусмотренных пунктом 2 настоящей статьи, когда цены товаров, работ или услуг, примененные сторонами сделки, отклоняются в сторону повышения или в сторону понижения более чем на 20 процентов от рыночной цены идентичных (однородных) товаров (работ или услуг), налоговый орган вправе вынести мотивированное решение о доначислении налога и пени, рассчитанных таким образом, как если бы результаты этой сделки были оценены исходя из применения рыночных цен на соответствующие товары, работы или услуги".