Отказ во временной регистрации из-за отсутствия согласия второго собственника квартиры?

Может это быть причиной отказа?

Да.

Нормы права:

ГРАЖДАНСКИЙ КОДЕКС РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Статья 247. Владение и пользование имуществом, находящимся в долевой собственности

1. Владение и пользование имуществом, находящимся в долевой собственности, осуществляются по соглашению всех ее участников, а при недостижении согласия - в порядке, устанавливаемом судом.

К сожалению, в МФЦ сотрудники не компетентные, они просто принимают те документы, которые Вы им отдаете, и передают в соответствующее ведомство

конечно же, для регистрации постороннего в квартире требуется согласие (личное присутствие) всех совершеннолетних собственников.

МФЦ - это организация, которая является посредником между населением и органами исполнительной власти. Они не осуществляют регистрационных действий. В их задачи входят прием документов на государственную услугу, передача исполнительному органу и после осуществления регистрационных действий выдача документов заявителям.

Услугу по регистрационному учету по месту пребывания и по месту жительства осуществляют территориальные органы МВД России.

Здравствуйте, Владение и пользование имуществом, находящимся в долевой собственности, осуществляются по соглашению всех ее участников, а при недостижении согласия - в порядке, устанавливаемом судом.