Нарушение авторских прав - компания Б внесла изменения в программу, купленную компанией А

Всё верно Вы понимаете. Но важно уточнить - а по какому договору была куплена программа для ЭВМ и какие права переданы были продавцом?

Если исключительное право не было передано, то никаких изменений покупатель - компания Б - не имел право вносить и т.д.

ГК РФ Статья 1266. Право на неприкосновенность произведения и защита произведения от искажений

Джае тиражировать программу не имел права, скорее всего. Иное дело, что автору (правообладателю) трудно уличить нарушения, так как его могут и не пускать на территорию Б и т.д.

Но надо смотреть договор!

Если внесенные изменения произведены с целью адаптации программы для работы с аппаратными или программными средствами пользователя, то это разрешено законом, поэтому не является нарушением лицензионного договора.

В соответствии с пп.1 п.1 ст.1280 ГК РФ лицо, правомерно владеющее экземпляром программы для ЭВМ или экземпляром базы данных (пользователь), вправе без разрешения автора или иного правообладателя и без выплаты дополнительного вознаграждения: осуществлять действия, необходимые для функционирования программы для ЭВМ или базы данных (в том числе в ходе использования в соответствии с их назначением), включая запись и хранение в памяти ЭВМ (одной ЭВМ или одного пользователя сети), внесение в программу для ЭВМ или базу данных изменений исключительно в целях их функционирования на технических средствах пользователя, исправление явных ошибок, если иное не предусмотрено договором с правообладателем.

Есть одна существенная оговорка.

Применение положений, предусмотренных настоящей статьей, не должно противоречить обычному использованию программы для ЭВМ или базы данных и не должно ущемлять необоснованным образом законные интересы автора или иного правообладателя (п.4 той же статьи).

Окончательный вывод возможно сделать только на основании более полной информации и изучения относящихся к вашей ситуации подробностей.

Статья 1266 ГК РФ. Право на неприкосновенность произведения и защита произведения от искажений.

1. Не допускается без согласия автора внесение в его произведение изменений, сокращений и дополнений, снабжение произведения при его использовании иллюстрациями, предисловием, послесловием, комментариями или какими бы то ни было пояснениями (право на неприкосновенность произведения).

При использовании произведения после смерти автора лицо, обладающее исключительным правом на произведение, вправе разрешить внесение в произведение изменений, сокращений или дополнений при условии, что этим не искажается замысел автора и не нарушается целостность восприятия произведения и это не противоречит воле автора, определенно выраженной им в завещании, письмах, дневниках или иной письменной форме.

2. Извращение, искажение или иное изменение произведения, порочащие честь, достоинство или деловую репутацию автора, равно как и посягательство на такие действия, дают автору право требовать защиты его чести, достоинства или деловой репутации в соответствии с правилами статьи 152 настоящего Кодекса. В этих случаях по требованию заинтересованных лиц допускается защита чести и достоинства автора и после его смерти.

3. В случаях, предусмотренных пунктом 5 статьи 1233 и пунктом 2 статьи 1286.1 настоящего Кодекса, автор может дать согласие на внесение в будущем изменений, сокращений и дополнений в свое произведение, на снабжение его при использовании иллюстрациями и пояснениями, если это вызвано необходимостью (исправление ошибок, уточнение или дополнение фактических сведений и т.п.), при условии, что этим не искажается замысел автора и не нарушается целостность восприятия произведения.

Если предоставите договор, то более подробно можно будет разобрать вашу ситуацию.