Пришёл отказ в выплате накопительной части пенсии, т. к. размер меньше 5%от страховой...

Единовременно никак. Согласно части 3 статьи 6 Федерального закона от 28 декабря 2013 г. N 424-ФЗ "О накопительной пенсии" накопительная пенсия единоразово может быть выплачена, если ее размер меньше 5% страховой пенсии. В Вашем случае это не так.

Накопительная пенсия назначается застрахованным лицам при наличии средств пенсионных накоплений, учтенных в специальной части индивидуального лицевого счета застрахованного лица или на пенсионном счете накопительной пенсии застрахованного лица, если размер накопительной пенсии составляет более 5 процентов по отношению к сумме размера страховой пенсии по старости (в том числе с учетом фиксированной выплаты к страховой пенсии по старости и повышений фиксированной выплаты к страховой пенсии), исчисленного в соответствии с Федеральным законом "О страховых пенсиях", и размера накопительной пенсии, рассчитанных на день назначения накопительной пенсии. Если размер накопительной пенсии составляет 5 и менее процентов по отношению к сумме размера страховой пенсии по старости (в том числе с учетом фиксированной выплаты к страховой пенсии по старости и повышений фиксированной выплаты к страховой пенсии), исчисленного в соответствии с Федеральным законом "О страховых пенсиях", и размера накопительной пенсии, рассчитанных на день назначения накопительной пенсии, застрахованные лица имеют право на получение указанных средств в виде единовременной выплаты.