Теперь с этим фирменным наименованием возникли проблеммы на таможне.

У ИП не может быть фирменного наименования. Вы обязаны, в силу закона, указывать себя ИП Ф.И,О., как в регистрационных документах. Посему у вас на таможне ничего не пропустят. Меняйте контракты и прочее. Все документы должны быть оформлены в соответствии с вашими регистрационными (Св-во о регистрации) или выписки из ЕГРЮЛ.

А кто вам посоветовал это просто профан в юриспруденции.

Фирменное наименование только у юридических лиц.

Статья 1473 ГК РФ Фирменное наименование

1. Юридическое лицо, являющееся коммерческой организацией, выступает в гражданском обороте под своим фирменным наименованием, которое определяется в его учредительных документах и включается в единый государственный реестр юридических лиц при государственной регистрации юридического лица.

ИП имеют право на коммерческое обозначение, но!!!

Статья 1538 ГК РФ Коммерческое обозначение

1. Юридические лица, осуществляющие предпринимательскую деятельность (в том числе некоммерческие организации, которым право на осуществление такой деятельности предоставлено в соответствии с законом их учредительными документами), а также индивидуальные предприниматели могут использовать для индивидуализации принадлежащих им торговых, промышленных и других предприятий (статья 132) коммерческие обозначения, не являющиеся фирменными наименованиями и не подлежащие обязательному включению в учредительные документы и единый государственный реестр юридических лиц.

То есть для обозначения своих предприятий и т.п.

Если, что не понятно в деятельности и в налогах, обращайтесь.