Что делать дальше? Не будет ли проблем потом с военкоматом если подам в суд и выиграю дело?

В июне 2004 года был призван на срочную службу Красноармейским РВК в Пограничный Отряд Особого Назначения г.Железноводска Ставропольского края. Прослужив год я заключил контракт 15 мая 2005 года на прохождение военной службы в в/ч 3810 г.Железноводска Ставропольского края в этом же отряде в Отдельной группе Специальной Разведки на должности разведчика-снайпера. Хотел перевестись в другую войсковую часть находящуюся в г.Новороссийске и договорившись с командиром подразделения убыл в другой город на свой страх и риск в ноябре 2005г. В этот же период была проверка в части и на этот момент не обнаружили меня на службе. Никто об этом меня не известил, командир прикрыл себя сам, на период следствия был прикомандирован к другой войсковой части где числился тоже военнослужащим контрактной службы но в наряды не ходил и денежное довольствие не получал. 19 января 2007 года был осужден военным гарнизонным судом г Новороссийска по ст.337 ч.4 к 2 годам колонии-поселения но был условно-досрочно освобожден 10 июня 2008г. Согласно ст.86 УК РФ и поправкам к этой статье судимость снята и погашена ещё 10 июня 2011г. Хочу поступить на контактную службу в армию вновь, но военком говорит что получена негласная команда из комендатуры и директива по округу что не брать с не погашенной судимостью но она ведь погашена и к тому же Краснодарский Военкомат не пропустит моё дело из-за наличия таковой судимости. Но ведь судимость погашена и снята а значит какие либо правовые отклонения уже в прошлом и я нормальный гражданин. но они твердят тоже самое что не пригоден, хотя военно-учетная специальность востребована Разведчик-снайпер и мне было предложено служить в 4 войсковых частях и пригодность категория первая-А участвовал во многих командировках и военно-спортивной экспедиции по подъёму на Эльбрус...........здешний военком отрубает все концы....говорит что даже с погашеной судимостью не берут.....ну вроде бы вот так! Просто кто то платит чтобы отмазаться я же наоборот пытаюсь чтобы взяли обратно. Где логика? Написал письмо в местный военкомат но получил письменный ответ..... Спустя некоторое время отправил письмо в министерство обороны и в администрацию президента которое перенаправили тоже в министерство обороны для объективного рассмотрения моего вопроса........через месяц получил ответ в виде электронного письма на электронную почту с положительным ответом из главного управления кадров министерства обороны РФ с гербом, исходящим номером и печатью.........подпись поставил начальник 4 управления главного управления Е.Кучинский. В конце письма адрес и телефон Краснодарской приемной комиссии в которую я должен подать документы......я позвонил по данному телефону, но там сказали что в Министерстве Обороны РФ ошиблись и мне дали не правильный ответ. Это получается что в Министерстве глупее служат чем в Краснодаре?