Как повлияет прописка на процедуру банкротства и реализацию имущества?

Точно.

По прописке определяется регион ведения дела. А не фактическое право собственности на имущество

Здравствуйте, Алексей!

Согласно п. 1 ст. 446 ГПК РФ

Взыскание по исполнительным документам не может быть обращено на следующее имущество, принадлежащее гражданину-должнику на праве собственности:

жилое помещение (его части), если для гражданина-должника и членов его семьи, совместно проживающих в принадлежащем помещении, оно является единственным пригодным для постоянного проживания помещением, за исключением указанного в настоящем абзаце имущества, если оно является предметом ипотеки и на него в соответствии с законодательством об ипотеке может быть обращено взыскание;

земельные участки, на которых расположены объекты, указанные в абзаце втором настоящей части, за исключением указанного в настоящем абзаце имущества, если оно является предметом ипотеки и на него в соответствии с законодательством об ипотеке может быть обращено взыскание;

Поскольку Ваша регистрация в другой квартире не подтверждает наличия у Вас права пользования указанным жилым помещением, то доли земельного участка и дома должны обладать исполнительским иммунитетом, согласно которому на указанные объекты недвижимости не может быть обращено взыскание в рамках дела о банкротстве.