Скажите этот разрыв при расчете выслуги лет будет учитыватся или нет?

Вам нужно изучить нормативные документы этой новой силовой структуры.

Скажем для Министерства обороны России - это следущее:

10. Выслуга лет, исчисленная военнослужащему в порядке и на условиях, которые предусмотрены настоящими Правилами, перед его увольнением с военной службы либо переводом в другой федеральный орган исполнительной власти, в котором федеральным законом предусмотрена военная служба, не пересчитывается при повторном поступлении на военную службу либо по новому месту военной службы.

11. Отдельным категориям военнослужащих в выслугу лет включаются в порядке и на условиях, которые предусмотрены законодательством Российской Федерации, иные периоды военной службы, в том числе исчисленные на льготных условиях.

12. Исчисление выслуги лет военнослужащим, проходящим военную службу в Вооруженных Силах Российской Федерации, других войсках, воинских формированиях и органах, осуществляется согласно правовым актам соответствующих федеральных органов исполнительной власти, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба, принятым на основании настоящих Правил.

(Постановление Правительства РФ от 21.12.2011 N 1074 "О порядке исчисления выслуги лет для назначения военнослужащим, проходящим военную службу по контракту, ежемесячной надбавки за выслугу лет" (вместе с "Правилами исчисления выслуги лет для назначения военнослужащим, проходящим военную службу по контракту, ежемесячной надбавки за выслугу лет"))