Проблема с регистрацией долевок и доначислением НДС - возможности для защиты прав и ссылки

Очень сложная ситуация. Строился дом, состоящий из 3 секций. 1 и 2 секция строилась на основании разрешения №1, третья секция - на основании разрешения № 2. Ввод в эксплуатацию по разрешению №1 произошел в августе, ввод по разрешению №2 в декабре. В период между августом и декабрем были зарегистрированы в УФРС долевки по секциям № 1,2,3. То есть тогда, когда такая регистрация по секциям №1 и 2 уже не могла пройти, но прошла (даты заключения договоров также в периоде между августом и декабрем). То есть здесь ошибка и застройщика и работников УФРС, которые пропустили такую регистрацию. Так как здесь налицо ошибка УФРС, руководителем было принято решение, что в свидетельствах о регистрации права собственности квартир на секции № 1 и 2 будет стоять разрешение на ввод секции №3 (то есть разрешение от декабря). Естественно, ни застройщик, ни дольщики договоры не оспаривали, так как это никому не нужно. Проходит выездная налоговая проверка, по результатам которой организации доначисляют НДС по этим незаконно зарегистрированным долевкам, при этом они не переквалифицируют договоры, а лишь указывают в акте на то, что такие договоры нельзя было заключать, ссылка на то, что данные денежные средства дольщиков утратили свое инвестиционное значение. Вопрос - можно ли отстоять этот НДС, ведь права зарегистрированы и никто уже не может оспорить эти сделки, сивдетельства выданы, уже произошли перепродажи. Как быть и на что ссылаться!