Как правильно указать налогооблагаемую сумму и подготовить необходимые документы при продаже квартиры, оформленной на нас в равных долях, чтобы родитель заплатил налог только со своей части прибыли?

Странно как то: вы хотите чтобы мама заплатила налог только своей части но в то же время в договоре купли-продажи стст 549-551 ГК РФ зачем то указываете что деньги от продажи поступают на счет мамы.

Что нельзя было в договоре указать что деньги от продажи долей поступают в равных суммах на ваш счет и счет мамы.

Вам нужно именно такое условие прописывать в вашем договоре.

Если договор вы уже заключили то составляйте дополнительное соглашение стст 450-452 ГК РФ к договору и меняйте условие согласно которому все деньги поступают на счет мамы.

Составьте с матерью договор займа (ст.807 ГК РФ) на часть продажной цены квартиры, причитающейся вам как собственнику 1/2 части квартиры.

Укажите также, что заём предоставляется третьим лицом путем перечисления на ее банковский счет всей суммы от продажи квартиры, в том числе в части, включающей вашу долю в составе продажной цены.

Что касается документов.

Это справка 3-ндфл согласно Приказу ФНС России от 15.10.2021 N ЕД-7-11/903@

"Об утверждении формы налоговой декларации по налогу на доходы физических лиц (форма 3-НДФЛ), порядка ее заполнения, а также формата представления налоговой декларации по налогу на доходы физических лиц в электронной форме", паспорт, договор-купли-продажи, выписка по счету о зачислении средств по договору. Все.