Могут ли оставить на второй год ребёнка в 3 классе, если он имеет 2 в одном предмете в 1 и 2 четвертях?

Нет не могут. Во - первых, учебный год ещ не завершён. В течении учебного года вопрос о повторном обучении не рассматривается.

Во-вторых, успеваемость по итогам учебного года, связана с промежуточной аттестацией.

Федеральный закон от 29.12.2012 N 273-ФЗ (ред. от 19.12.2023) "Об образовании в Российской Федерации"

Статья 58. Промежуточная аттестация обучающихся

2. Неудовлетворительные результаты промежуточной аттестации по одному или нескольким учебным предметам, курсам, дисциплинам (модулям) образовательной программы или непрохождение промежуточной аттестации при отсутствии уважительных причин признаются академической задолженностью.

3. Обучающиеся обязаны ликвидировать академическую задолженность.

5. Обучающиеся, имеющие академическую задолженность, вправе пройти промежуточную аттестацию по соответствующим учебному предмету, курсу, дисциплине (модулю) не более двух раз в сроки, определяемые организацией, осуществляющей образовательную деятельность, в пределах одного года с момента образования академической задолженности. В указанный период не включаются время болезни обучающегося, нахождение его в академическом отпуске...

8. Обучающиеся, не прошедшие промежуточной аттестации по уважительным причинам или имеющие академическую задолженность, переводятся в следующий класс или на следующий курс условно.

9. Обучающиеся в образовательной организации по образовательным программам начального общего, основного общего и среднего общего образования, не ликвидировавшие в установленные сроки академической задолженности с момента ее образования, по усмотрению их родителей (законных представителей) оставляются на повторное обучение, переводятся на обучение по адаптированным образовательным программам в соответствии с рекомендациями психолого-медико-педагогической комиссии либо на обучение по индивидуальному учебному плану.