Однако Прокуратура при квалификации преступления учитывала только прямой ущерб (без учета стоимости восстановительного ремонта).

Прокурор в данной ситуации совершенно прав. При квалификации преступлений учитывается только прямой ущерб, причинённый деянием. И если он меньше того обязательного размера, указанного в статье Уголовного закона, то уголовное дело не может быть возбуждено. Если Вы всё же сомневаетесь в нашей правоте, то можете обжаловать решение прокуратуры вышестоящему прокурору (в Вашем случае -прокурору Республики Горный Алтай). Помимо этого в соответствии со ст.125 Уголовно-процессуального кодекса (УПК ) РФ Вы можете обжаловать постановление об отказе в возбуждении уголовного дела, направив жалобу в федеральный суд того района, где было вынесено указанное постановление. Такая жалоба не облагается госпошлиной и в соответствии с законом должна быть рассмотрена в течении 5 суток с момента поступления. То есть Вы ничем себя не обременяете, а имеете возможность как в зеркале увидеть, прав или неправ прокурор, отказав Вам.

А вообще так ли важно, будет возбуждено уголовное дело или нет? Я думаю, что Вам нужнее получить компенсацию причиненного ущерба. Так вот, правота в данной ситуации на Вашей стороне. Поэтому Вы обращайтесь в суд в порядке гражданского судопроизводства с иском о возмещении причиненного материального ущерба, а также и морального вреда. Суд взыщет как прямой ущерб, так и иной, связанный с восстановительным ремонтом, с утратой товарного вида и т.п. Вы, наверняка, выиграете дело. Удачи Вам в скорейшем возмещении полученного ущерба!