Как защитить свои права на работе при изменении руководства и сокращении должности?

Я работаю в гос. учреждении. До 31 января работал директор и с ним была договренность о том, что я не беру академический отпуск, а это (104 дня на диплом). Но на всякий пожарный я взял справку-вызов 28 января из института. Вызов с 13 февраля по 27 мая. Так вот, 31 января старого директора снимают с занимаемой должности в связи с окончанием действия договора. Так же 28 января со старым директором была заключена договоренность, подтвержденная в письменной форме, что я возьму отгул 1 февраля, за использованный отпуск во время которого я выходил работать. Начиная с 1 февраля пришел новый директор и все было хорошо (как совпали обстоятельства до 13 февраля) начиная с этого момента он начал изживать меня. Меняет штатное расписание, сокращает мою должность и просит написать заявление на переход на новую должность с 1 февраля и понижение зарплаты в 50%. Я так и не оформил свой отпуск по глупости. Если я в понедельник (18 февраля) напишу заявление, приложу эту справку-вызов, в которой написано с 13 февраля меня вызывают в институт (я работал по поизводственной необходимости, так как чуствовал свою ответственноть, но сейчас обстоятельства изменились и я хочу взять отпуск) играет ли роль с какого числа я пишу заявление на отпуск? И имеет ли он право не отпустить меня, если я зарегистрирую свое заявление и справку-вызов в секретарской? И скажем сразу уеду с работы, будет ли это приравнено к прогулу пока он не составит приказ? Еще интерисует вопрос про 1 февраля (выше описал ситуацию). В связи с болезнью начальника ОК (а заявление на отгул 1 февраля у нее), он еще его не видел, хотя начальник ОК говорил ему что она в курсе что я отпрашивался и меня не будет. Новый директор стал собирать служебные с (охраны и еще одного зама) что меня не было 1 февраля (но как я знаю это не имеет юридическую силу без присутствия табельщика, начальника ОК) может ли он выписать выговор или что-то в этом духе? И еще про штатное расписание на сколько мне известно он обязан вручить мне под роспись уведомление о моем сокращении и я должен работать еще два месяца, но если я буду в отпуске то и уведомление он мне вручить не сможет по логике? Ну вроде все вопросы описал, если кто ответит буду благодарен и если даст какие советы как лучше поступить в понедельник вплане написания заявления и вообще ситуации в целом. Я просто не хочу никаких записей в трудовой и не хочу уволняться сейчас, так как еще не получил диплом. А без диплома проблемматичней устроится на работу, нежели с ним. поэтому хочу до конца защиты диплома как бы сохранить трудовые отношения со своей настоящей работой.