Почему пришлось заплатить 18000 за налог на доходы физических лиц?

Так откуда же мы знаем. что вам пришло. Уточните в налоговой, и вам разъяснят.

Конечно нужно смотреть личный кабинет налогоплательщика. Предполагаю, что повторной отправкой декларации за тот же налоговый период Вы задвоили сумму налога по ЕНС.

Вы получили имущественный вычет в виде возврата НДФЛ. При камеральной проверке выявилось, что на каких-то работах за Вас уже заплатил налог Ваш работодатель - налоговый агент

Налог должны заплатить, если был доход.

Вам нужно подать уточненную налоговую декларацию

Это разница между ранее задекларированным налоговым вычетом 39000 руб., и вычетом по уточнённой декларации за тот же год на 21 000 руб.

Вам одобрили вычет по расходам на проценты, а вычет по расходам на покупку вы сами себе обнулили.

Это произошло из-за незнания вами, что указание в корректирующей декларации дополнительных налоговых вычетов без отражения в ней вычетов, ранее уже заявленных в первичной декларации, является ошибкой.

Для исправления ситуации подайте еще одну корректирующую декларацию, в которой укажите оба вычета.

На основании п.1 ст.81 НК РФ при обнаружении налогоплательщиком в поданной им в налоговый орган налоговой декларации недостоверных сведений, а также ошибок, не приводящих к занижению суммы налога, подлежащей уплате, налогоплательщик вправе внести необходимые изменения в налоговую декларацию и представить в налоговый орган уточненную налоговую декларацию в порядке, установленном настоящей статьей. При этом уточненная налоговая декларация, представленная после истечения установленного срока подачи декларации, не считается представленной с нарушением срока.