Выходное пособие при увольнении по соглашению сторон - когда и как будет произведена выплата? И что означает пункт в соглашении о претензиях между сторонами?

Да это так. Если нет в соглашении иной договоренности о выплате расчета, то конечно действуют нормы ст.140 ТК РФ, а именно

Статья 140. Сроки расчета при увольнении

При прекращении трудового договора выплата всех сумм, причитающихся работнику от работодателя, производится в день увольнения работника. Если работник в день увольнения не работал, то соответствующие суммы должны быть выплачены не позднее следующего дня после предъявления уволенным работником требования о расчете.

В случае спора о размерах сумм, причитающихся работнику при увольнении, работодатель обязан в указанный в настоящей статье срок выплатить не оспариваемую им сумму.

Фраза "стороны претензий по осуществлению взаиморасчетов ..." несколько обтекаемая. Говорит об отсутствии претензий по Трудовому договору с обоих сторон. Если вам не нравится что либо, требуйте убрать эту фразу или вставить свой вариант. Можно приложить акт разногласий к соглашению. Но в целом я не вижу здесь подвоха. Я бы добавил слово "порядку взаиморасчетов". В любом случае, не выплаченную заработную плату по Трудовому договору, отработанную вами - ее получение - подтверждается платежным документом бухгалтерской отчетности. В случае не выплаты или несвоевременной выплаты вы имеете право обратиться в суд. Факт невыплаты зарплаты будет подтверждаться бухгалтерскими документами.