Может ли заказчик подавать исковое заявление на ИП как на физическое лицо?

Правомерно, ответчик может не согласиться и подать в суд соответствующее заявление. Но важно видеть договор и т.д.

Если Заказчик физическое лицо то в любом случае рассмотрение дела должно быть в суде общей юрисдикции Поэтому в данном случае со стороны суда нет нарушения

П.3 ст.23 ГК РФ говорит: К предпринимательской деятельности граждан, осуществляемой без образования юридического лица, соответственно применяются правила настоящего Кодекса, которые регулируют деятельность юридических лиц, являющихся коммерческими организациями, если иное не вытекает из закона, иных правовых актов или существа правоотношения

То, что суд принял дело к рассмотрению не нарушение, так как одной из сторон является физическое лицо и спор подсуден суду общей юрисдикции.

Что касается правомерности или не правомерности решения - то нужно исследовать решение

Данный вопрос не должен вызывать недоумений, которые могут возникнуть при первом прочтении, ибо осмысление данной проблемы через призму действующих нормативно-правовых актов приводит к интересным выводам.

Согласно ч. 1 ст. 27 АПК РФ арбитражному суду подведомственны дела по экономическим спорам и другие дела, связанные с осуществлением предпринимательской и иной экономической деятельности.

Согласно ч. 2 ст. 27 АПК РФ арбитражные суды разрешают экономические споры и рассматривают иные дела с участием организаций, являющихся юридическими лицами, граждан, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица и имеющих статус индивидуального предпринимателя, приобретенный в установленном законом порядке (далее - индивидуальные предприниматели), а в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами, с участием Российской Федерации, субъектов Российской Федерации, муниципальных образований, государственных органов, органов местного самоуправления, иных органов, должностных лиц, образований, не имеющих статуса юридического лица, и граждан, не имеющих статуса индивидуального предпринимателя (далее - организации и граждане).

Итак, дело подлежит рассмотрению в арбитражном суде (далее - АС), если одновременно выполняются 2 условия: субъектный состав участников (юрлицо или ИП) и экономический характер спора. Если не выполняется хотя бы одно из условий, то дело не подлежит рассмотрению в АС, а подлежит рассмотрению в суде общей юрисдикции (далее — СОЮ).