Можно ли допрашивать детей без присутствия родителей в школе?

Законно, запрета на это не существует.

И Это не допрос.

Закон требует присутствия родителя только про ДОПРОСЕ по уголовному делу, которого как я полагаю ещё нет

Если сотрудник ПДН производил опрос Вашего ребенка, оформляя при этом объяснения, это не протокол.

В соответствии со статьей 25.6 КоАП РФ:

При опросе несовершеннолетнего свидетеля, не достигшего возраста четырнадцати лет, обязательно присутствие педагога или психолога. В случае необходимости опрос проводится в присутствии законного представителя несовершеннолетнего свидетеля.

В соответствии со статьей 191 Уголовного процессуального кодекса РФ (положения этой статьи применяются сотрудниками органов и при проведении опроса несовершеннолетних):

1. При проведении допроса, очной ставки, опознания и проверки показаний с участием несовершеннолетнего потерпевшего или свидетеля, не достигшего возраста шестнадцати лет либо достигшего этого возраста, но страдающего психическим расстройством или отстающего в психическом развитии, участие педагога или психолога обязательно.

Т.е. как видите, нарушений со стороны сотрудника ПДН допущено не было, т.к. в данном случае обязательным условием является присутствие педагога или психолога, но не законного представителя, т.е. родителя.

Допрос незаконный.

Жалобу в прокуратуру.