Судья ссылается на показания стороны в зале суда, которые не отражены в протоколе

Абсолютно легитимен, если Вы о письменном протоколе судебного заседания. В соответствии с частью 1 статьи 229 ГПК РФ, протокол в письменной форме является дополнительным средством фиксирования данных о ходе судебного заседания. В протоколе указываются:

1) дата и место судебного заседания;

2) время начала и окончания судебного заседания;

3) наименование суда, рассматривающего дело, состав суда, помощник судьи и секретарь судебного заседания;

4) наименование и номер дела, присвоенный судом первой инстанции;

5) сведения о явке лиц, участвующих в деле, их представителей, свидетелей, экспертов, специалистов, переводчиков;

6) сведения о разъяснении лицам, участвующим в деле, их представителям, свидетелям, экспертам, специалистам, переводчикам их процессуальных прав и обязанностей;

7) распоряжения председательствующего и вынесенные судом в зале судебного заседания определения;

8) устные заявления и ходатайства лиц, участвующих в деле, консультации специалистов;

9) соглашения сторон по фактическим обстоятельствам дела и заявленным требованиям и возражениям;

10) сведения об использовании средств аудио-, видеозаписи, систем видеоконференц-связи, системы веб-конференции и (или) иных технических средств, а также о проведении кино- и фотосъемки, видеозаписи, трансляции судебного заседания по радио, телевидению и в информационно-телекоммуникационной сети "Интернет" в ходе судебного заседания. При проведении трансляции судебного заседания указывается также наименование средства массовой информации или сайта в информационно-телекоммуникационной сети "Интернет", посредством которых осуществлялась трансляция;

11) дата составления протокола.

Всё, перечень исчерпывающий, а бумажный протокол с лета прошлого года носит именно вспомогательный характер к аудиопротоколу судебного заседания. Поэтому никаких нарушений закона со стороны суда по изложенному в Вашем вопросе не усматривается. Такие дела.