Как доказать суду, что я не вносила платёж, а это сделал банк чтобы прервать срок исковой давности?

Это очень сложно, но возможно. Как минимум, потребовать доказательства внесения именно вами денежных средств и отрицать факт внесения этой суммы.

Некоторые документы, которые могут быть приложены к иску:

договор банковского счёта, который предусматривает, каким образом банк должен информировать клиента о совершённых операциях по его счёту;

выписка движения средств по счёту, заверенная сотрудником банка;

претензия (обращение, заявление) к банку, заверенная сотрудником банка;

постановление полиции о возбуждении либо об отказе в возбуждении уголовного дела;

переписка с банком (повторные обращения, результаты служебного расследования и другие документы, имеющие отношение к делу).

35 и 56 и 79 ГПК РФ при правильном обосновании в помощь

Доказать сложно. НО МОЖНО. Надо понимать какие у вас есть документы.

В соответствии с пунктом 20 постановления Пленума ВС РФ N 43 частичная оплата задолженности не прерывает течение срока исковой давности, поскольку признание части долга, в том числе, путем уплаты его части, не свидетельствует о признании долга в целом, если иное не оговорено должником.

Запросите у банка справку/иной документ, в котором будет указано, что платеж списан автоматически

Простите истребовать доказательства кто где когда каких обстоятельствах выносил С какого счёта оплата была в каком банкомате