Правомерен ли отказ в зачёте стажа МЧС для жилищной субсидии военного пенсионера?

Определитесь, что именно в вашем понимании "при погонах". Для некоторого обострения понимания рекомендую посмотреть такое кино: rutube.ru

Из текста вашего вопроса следует, что вы абсолютно не знакомы с алгоритмом обеспечения военнослужащих жилыми помещениями (денежной субсидией) для постоянного проживания.

Выплату (субсидию) получать должен военнослужащий , признанный установленным порядком Росжилкомплексом (если прох. в/ сл в МО РФ)(это регулирует Постановление Правительства РФ от 30 октября 2020 г. N 1768 "Об утверждении Правил признания военнослужащих - граждан Российской Федерации, проходящих военную службу по контракту, нуждающимися в жилых помещениях, формы выписки из решения о предоставлении жилого помещения, находящегося в федеральной собственности, в собственность бесплатно, формы акта приема-передачи жилого помещения и признании утратившими силу некоторых актов и отдельных положений некоторых актов Правительства Российской Федерации" ) нуждающимся в ж/п, причем "таким то" составом семьи.

Причем размер таковой субсидии зависит не от выслуги в МЧС или где - либо еще, а от установленного Минстроем коэффициента стоимости кв. метра (по всей Федерации), количества членов семьи, учтенных при признании нуждающимся и норме на одного члена (например 18 м. кв. при составе семьи три и более чел).

Регулирует порядок указанного расчета Постановление Правительства РФ от 3 февраля 2014 г. N 76 "Об утверждении Правил расчета субсидии для приобретения или строительства жилого помещения (жилых помещений), предоставляемой военнослужащим - гражданам Российской Федерации и иным лицам в соответствии с Федеральным законом "О статусе военнослужащих"