Но я не знаю в какую прокуратуру мне надо обратиться: в обычную или природоохранную прокуратуру?

Здравствуйте!

Самый лучший вариант – это веерная отправка обращений сразу в три инстанции: в межрайонную прокуратуру, в природоохранную прокуратуру, а также напрямую в профильный орган контроля.

Уничтожение и повреждение объектов культурного наследия (ОКН) — это уголовное преступление (ст. 243 УК РФ). Общим надзором за соблюдением Уголовного кодекса и законодательства об ОКН занимается именно территориальная прокуратура.

Работы скорее всего ведутся в природной зоне (вероятно, это ООПТ — особо охраняемая природная территория, либо памятник садово-паркового искусства). Подкопы под деревья и тяжелая техника в такой зоне нарушают природоохранное законодательство. Поэтому обязательно пишите в Межрайонную прокуратуру г. Москвы

Ну а Департамент культурного наследия города Москвы (Мосгорнаследие), это профильный надзорный орган. По хорошему, они обязаны немедленно выдать предписание о приостановке работ, если документация не согласована.

А для начала сделайте как можно больше детальных фотографий: общий план работ, траншею крупным планом, подкоп под мостик, отсутствие защитных коробов на деревьях, технику, информационный щит объекта, где указан заказчик и подрядчик работ и приложите эти файлы к обращениям.

И отправьте все обращения через интернет-приемные, они есть у всех трех организаций.

Удачи!