Как оспорить внесение в чёрный список командиром?

Ваши действия должны быть направлены на официальное обжалование. Соберите доказательства, подайте жалобу вышестоящему командиру и в военную прокуратуру. При необходимости обращайтесь в суд. Также отдельно решайте вопрос об увольнении по состоянию здоровья – ранения и рапорт дают вам на это право.

Оспаривать необходимо не устный «черный список», а конкретный приказ, рапорт или заключение служебной проверки. Подайте зарегистрированный рапорт вышестоящему командиру с требованием предоставить копии материалов проверки, приказа и объяснений, приложив авиабилет, записи о сдаче оружия, удостоверение, медицинские документы о двух ранениях и документы о наградах; одновременно направьте жалобу в военную прокуратуру. Если решение не отменят, подайте административный иск в гарнизонный военный суд в течение трех месяцев с момента, когда узнали о нарушении. Важно не скрываться и не покидать место службы без разрешения: приписываемый самовольный уход или неявка могут повлечь ответственность по статье 337 УК РФ, а в условиях боевых действий последствия строже. По состоянию здоровья отдельно добивайтесь военно-врачебной комиссии и приобщения всех медицинских документов; авиабилет сам по себе не доказывает законность убытия, но подтверждает обстоятельства и дату.

Нет никаких "черных списков".

Непонятно, что оспаривать.

Уточните, конкретно о каком нарушении Ваших прав Вы ведете речь.

Никаких чёрных списков законом не предусмотрено.