Проблемы и вопросы по договору на разработку проектно-сметной документации АЗС и возможные пути их решения

Необходимо правильно оформить договорные отношения: в ноябре 2009 года между моим ООО Х и проектным институтом Y был заключен договор на разработку проектно-сметной документации АЗС. ООО Х проавансировало работы в сумме 330 руб, всего сумма договора 650 руб. Подрядчик Y пропустил сроки выполнения работ и предоставления сметной документации, кроме того, при начале строительных работ АЗС по инициативе прокуратуры отозвали разрешение на строительство объекта для прохождения государственной экспертизы проекта. ООО Х оплатило расходы по экспертизе, но результат экспертизы был отрицательным. Повторную экспертизу оплачивал проектный институт, но в качестве уже института Z (некая реорганизация, не могу добиться четкого ответа). Положительная экспертиза получена на мой объект АЗС, но заказчиком выступает проект. Институт Z. Теперь проблема: как привести в порядок документы? Составить Соглашение о правопреемстве с новой Z с переходом авансового платежа ООО Х на новую Z? Составить доп. соглашение, что эта Z получает экспертизу на проект в наших интересах? И вообще, ввиду того, что срок сдачи работ был апрель 2010 года, а сейчас июль 2013 года, проекта до сих пор у меня на руках нет, не хочется и доплачивать за такой подход к работе. Стройка заморожена на 3 года, понесены соответственно убытки, вложения не приносят дохода. Можно ли накатать претензию в нашем варианте? Заранее спасибо за ответ!